Brennnesseln waschen, trockenschütteln und die Blätter abzupfen, dabei besser mit Gummihandschuhen arbeiten.
In einem Topf 1–2 l Wasser zum Kochen bringen und salzen. Brennnesselblätter hineingeben und einmal aufkochen. Abgießen, in einer Schüssel mit eiskaltem Wasser abschrecken und abtropfen lassen.
Kohlrabi und Süßkartoffeln schälen, Kohlrabigrün beiseitelegen. Süßkartoffeln und Kohlrabi jeweils längs halbieren und in etwa 3 mm dicke Scheiben schneiden. Kohlrabi, Süßkartoffeln und Brennnesseln in einer Schüssel mischen. Gemüsemischung salzen und in einer flachen Auflaufform verteilen.
Eier, Milch, Salz und Pfeffer verrühren. Etwas Muskat hineinreiben.
Eiermilch über das Gemüse geben. Gratin im vorgeheizten Backofen auf der mittleren Schiene bei 200 °C (Umluft 180 °C, Gas: Stufe 3) etwa 15 Minuten garen. Käse auf das Gratin streuen. Gratin bei gleicher Temperatur etwa 40 Minuten weiterbacken. Vor dem Servieren mit Kohlrabigrün bestreuen.